Для подготовки материалов и рекомендаций, необходимых для деятельности совместной Комиссии при  Секретариате созданы рабочие группы экспертно-аналитической поддержки.  В их состав вошли наиболее опытные специалисты в сферах  водопользования, строительства и эксплуатации водных объектов и гидротехнических сооружений,  информационного обмена и программного обеспечения, отраслей права и законодательства,  экологии и охраны окружающей среды из Республики Казахстан и   Кыргызской Республики.

С учетом направлений  деятельности  Комиссии рабочие группы (в республиках подгруппы) сформированы согласно четырех основных компонентов деятельности и названы:

•    Рабочая группа «А» по правовым и институциональным вопросам;

•    Рабочая группа «Б» по вопросам ежегодного распределения водных ресурсов;

•    Рабочая группа «В»  по  гидротехническим  инженерным  работам  и  реконструкции;

•    Рабочая группа «Г» по экономике,  вопросам окружающей среды, мониторингу и обмену данными.

Рабочие группы начали деятельность в мае 2005 года.